Разделение в полиакриламидном геле (ПААГ) происходит за счёт различий заряда разделяемых молекул и отличий молекулярных масс, а также от конфигурации молекул.
Оценить размер молекул помогут маркеры молекулярных масс. Последующая детекция на гель-документирующих системах методом колориметрического анализа ПААГ (после окраски белков по Кумасси, серебром или медью, происходит количественная и качественная оценка образца по интенсивности окраски в видимом свете) позволяет визуализировать результат и сохранить результаты работы с образцами.
Электрофорез вертикальный проводят в специальных камерах для вертикального электрофореза. Камеры различаются по количеству гелей (от 1 до 12), по размеру геля (от 7 до 20 см), по толщине геля (0,75;1,0; 1,5 мм), по количеству образцов на гель (от 1 до 120) и по требованию к объему буфера (от 200 до 6000 мл). Подбор нужной камеры следует проводить, исходя из указанных характеристик.
Есть модели как со встроенной охлаждаемой ячейкой (теплообменником), так и с возможностью охлаждения в качестве опции. В некоторых моделях с помощью специального модуля возможно выполнение блоттинга в этой же камере. Также есть модели, рассчитанные на загрузку 2-х кассет с гелем одновременно, каждый отсек изолирован друг от друга, и как следствие, тратится меньшее количество буфера. Имеются и многокамерные модели для постановки одновременно до 12 гелей.
Отличие вертикального электрофореза от горизонтального электрофореза в том, что вместо агарозы используют полиакриламидные гели (ПААГ). Электрофорез в полиакриламидном геле имеет большую разрешающую способность по сравнению с агарозным и позволяет различать молекулы ДНК разных размеров с точностью до одного нуклеотида. Вертикальный электрофорез — это метод разделения белков и ДНК с высоким разрешением. Изменяя концентрацию полимера (ПААГ), можно получать гели с широким диапазоном размеров пор, позволяющие проводить разделение белков и пептидов с молекулярными массами от 2 до 300 тыс. кДа.
