Особенности:
- Анализ 3’-нетранслируемых областей и исследование альтернативного полиаденилирования.
- Требуемое количество РНК — от 10 нг.
- Можно использовать на деградированной РНК (например, из FFPE-образцов).
- Методика включает стадию удаления глобиновой мРНК.
- Анализ данных осуществляется на платформе Bluebee genomics с бесплатным доступом.
- Можно секвенировать одновременно до 9216 образцов по методу одиночных прочтений.
Наборы QuantSeq 3’ mRNA-Seq предназначены для получения Illumina-совместимых библиотек из поли-А РНК. Протокол занимает около 4,5 часов.
Наборы QuantSeq доступны как для транскриптов с прямой цепи (FWD), так и для обратной цепи (REV). Обе версии обеспечивают высокую специфичность по отношению к направлению цепи.
В состав набора QuantSeq REV входит олиго-дТ праймер, вводящий линкерную последовательность Read 1 в состав синтезируемой цепи. Этой последовательности комплементарен праймер CSP (Custom Sequencing Primer), входящий в набор и дающий последовательность, соответствующую кДНК. Библиотеки, полученные с помощью QuantSeq REV, можно секвенировать по методу парных прочтений (paired-end). В состав набора входят магнитные частицы для очистки библиотек, что делает возможным автоматизацию процесса.
Мультиплексирование до 96 образцов обеспечивается с помощью индексов i7, входящих в набор. Дополнительно можно использовать набор индекcов i5 (каталожный номер 047), в итоге можно объединить в библиотеке до 9216 образцов.
В качестве стартового материала используется суммарная РНК, обогащение полиА-транскриптами происходит за счёт олиго-дТ праймеров.
