Особенности:
- Анализ экспрессии всего спектра генов.
- Выгодная альтернатива РНК-микрочипам и стандартному РНК-секвенированию.
- Требуемое количество РНК — от 100 пг.
- Можно использовать на деградированной РНК (например, из FFPE-образцов).
- Методика включает стадию удаления глобиновой мРНК.
- Анализ данных осуществляется на платформе Bluebee genomics с бесплатным доступом.
- Можно секвенировать одновременно до 9216 образцов по методу одиночных прочтений.
- Для мультиплексирования доступны парное индексирование и уникальные молекулярные идентификаторы.
Наборы QuantSeq 3’ mRNA-Seq предназначены для получения Illumina-совместимых библиотек из поли-А РНК. Протокол занимает около 4,5 часов.
Наборы QuantSeq доступны как для транскриптов с прямой цепи (FWD), так и для обратной цепи (REV). Обе версии обеспечивают высокую специфичность по отношению к направлению цепи.
В состав набора QuantSeq FWD входит праймер для синтеза второй цепи, содержащий линкерную последовательность Read 1. Эта последовательность обеспечивает генерацию ридов при секвенировании в направлении 3’-конца, т.е. соответствующих прямой последовательности мРНК. Более длинные риды дают более полную последовательность 3’-концов. Не рекомендуется секвенировать библиотеки QuantSeq FWD по методу парных прочтений (paired-end), так как линкерная последовательность Read 2 начинается с поли-Т, а гомополимеры снижают качество ридов. В состав набора входят магнитные частицы для очистки библиотек, что делает возможным автоматизацию процесса.
Мультиплексирование до 96 образцов обеспечивается с помощью индексов i7, входящих в набор. Дополнительно можно использовать набор индекcов i5 (каталожный номер 047), в итоге можно объединить в библиотеке до 9216 образцов. В набор QuantSeq 3‘ mRNA-Seq Library Prep Kit (FWD) HT кроме i7, включены индексы i5 (5001-5004).
В качестве стартового материала используется суммарная РНК, обогащение полиА-транскриптами происходит за счёт олиго-дТ праймеров.
