Оборудование для ПЦР

Амплификатор: типы, назначение и особенности выбора

Амплификатор – лабораторный прибор, используемый при исследованиях методом полимеразной цепной реакции (ПЦР). Метод ПЦР применяют для создания множества копий фрагмента ДНК, увеличивая концентрацию в пробе в 106-109 раз. Амплификатор путем многократного охлаждения и нагревания проб синтезирует ДНК.

ПЦР помогает выявить чужеродное вещество даже в том случае, если его присутствие слишком мало. Метод применяется в медицине и ветеринарии для диагностики болезней и установления непереносимости лекарств, в пищевой промышленности – для выявления ГМО и микроорганизмов, в криминалистике – для идентификации личности и установления родства, в фармацевтике – для разработки препаратов.

Типы амплификаторов

Типы амплификаторов варьируются в зависимости от способа обнаружения ДНК.

1. Амплификатор по конечной точке (классический). Детектирование результатов происходит непосредственно после завершения исследования. Данный тип амплификатора определяет качественно наличие чужеродной ДНК. К классическим амплификаторам относятся модели: Eppendorf Mastercycler nexus eco, Bio-Rad C1000 Touch, Thermo FS SimpliAmp.
2. Амплификатор реал-тайм (в реальном времени) демонстрирует результаты прямо в процессе исследования. Данные амплификаторы подходят в случае, когда производится количественный анализ, например, при определении вирусной нагрузки ВИЧ, вируса гепатита В или С, а также при SNP генотипировании или анализе копийности генов. К реал-тайм амплификаторам относятся: Bio-Rad CFX96, Qiagen Rotor-Gene Q 5plex.
3. Цифровой амплификатор. Цифровая ПЦР – более усовершенствованный метод ПЦР, при котором пробу разделяют на большое число изолированных микрореакторов, в каждый из которых попадают специфичные к ДНК-мишени праймеры целевые или фоновые фрагменты ДНК. Затем ПЦР производится только в тех ячейках, куда попала ДНК-мишень, а затем флуоресцентный сигнал в них регистрируется при помощи ридера. Данные амплификаторы подходят в том случае, когда необходимо обнаружить редкие мутации на фоне большого числа штаммов или определить небольшие отличия в концентрации ДНК-мишеней. Цифровые амплификаторы: система ThernoFS QuantStudio 3

 На что обратить внимание при выборе амплификатора?

Существует несколько параметров, которые необходимо учитывать при выборе амплификатора.

1. Реакционный блок. В реакционном блоке размещаются пробирки, планшеты или стрипы, но чаще всего выбирают планшетное размещение. Чем больше мест для пробирок, тем больше производительность, поэтому для крупных лабораторий выбирают формат на 384 места для пробирок. Средний формат на 96 мест наиболее распространен. Форматы на 16 и 48 проб подходит для лабораторий малой производительности. Большинство моделей обладают универсальнымтермоблоком, подходящим для пробирок, стрипов и планшетов. В некоторых моделях предусмотрены сменные термоблоки.
2. Емкость пробирок. Обычно выбирают пробирки объемом 0,2 мл, пробирки объемом 0,5 мл подойдут в том случае, если необходимо исследовать пробу большого объема. Существует емкость объемом 0,1 мл, такой объем выбирают, если необходимо сэкономить на реагентах.
3. Оперативность скорости нагрева и охлаждения. Исходите из требований лаборатории, если параметр важен, то лучше всего подойдет блок из серебра, так как именно серебро проводит тепло лучше и способствует более быстрому равномерному изменению температуры. Именно от скорости нагрева и охлаждения зависит то, насколько быстро будет проведено исследование. Лучшую скорость демонстрируют модели, которые обеспечивают нагрев 8 ^оС в секунду при точности в 0,1 ^оС, а охлаждение – 5 ^оС.
4. Наличие дополнительных функций. К дополнительным функциям относятся возможность объединения несколько приборов в одну станцию (актуально для высокопроизводительных лабораторий), тип ЖК-дисплея, возможность установки разных реакционных сосудов, наличие нагревательной крышки (препятствует образованию конденсата). В данном случае необходимо исходить из требований лаборатории.